ระบบรีเวิร์สออสโมซิสแต่ละระบบจะสกปรกและจำเป็นต้องทำความสะอาด เนื่องจากโดยปกติแล้วจะไม่มีสารก่อมลพิษเพียงชนิดเดียวเมื่อเกิดมลพิษ กระบวนการทำความสะอาดโดยทั่วไปจึงประกอบด้วยสองขั้นตอน: การทำความสะอาดด้วยค่า pH ต่ำและการทำความสะอาดด้วยค่า pH สูง
ควรทำความสะอาดสารมลพิษต่างๆ ด้วยสารทำความสะอาดที่แตกต่างกัน การทำความสะอาดด้วยอัลคาไลน์ส่วนใหญ่จะใช้เพื่อกำจัดจุลินทรีย์หรือสารมลพิษอินทรีย์ และการทำความสะอาดด้วยกรดส่วนใหญ่จะใช้เพื่อกำจัดตะกรัน ควรเลือกสารทำความสะอาดตามประเภทของมลพิษและประเภทของเมมเบรนเพื่อหลีกเลี่ยงการทำลายเมมเบรน
ควรกำหนดลำดับการใช้สารทำความสะอาดตามปัญหาที่เกิดขึ้นจริง ลำดับการทำความสะอาดตามปกติคือการล้างด้วยกรดก่อน แล้วจึงล้างด้วยด่าง
ในบางกรณี หากมลพิษส่วนใหญ่เป็นสารอินทรีย์หรือจุลินทรีย์ การล้างด้วยด่างสามารถทำได้ก่อน ตามด้วยการล้างด้วยกรด แล้วจึงล้างด้วยด่าง
เหตุผลสำคัญสำหรับการล้างด้วยด่างเป็นขั้นตอนสุดท้ายคือสามารถเปิดรูขุมขนเมมเบรนได้อย่างเต็มที่หลังจากการดอง เพื่อคืนค่าการผลิตน้ำ





